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Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing（ATAC-Seq）即利用轉座酶探究可接近性染色質高通量測序技術。通俗來說就是利用轉座酶來獲取開放性染色質，再通過高通量測序及生物信息學分析來挖掘相關基因信息，以此探究生物學相關問題。
Q：為什么研究染色質開放區域？
A：染色質分為常染色質和異染色質，在結構上常染色質折疊壓縮程度低，處于伸展狀態，DNA復制，基因轉錄都發生在DNA的致密高級結構變為松散的狀態；這部分打開的染色質，就叫開放染色質（open chromatin）。而打開的染色質，就有足夠的區域允許一些調控蛋白（比如轉錄因子和輔因子）過來與之相結合。而染色質的這種特性，就叫做染色質的可接近性（chromatin accessibility）。通過研究細胞特定狀態下開放的染色質區域可以在DNA水平上了解其轉錄調控。
Q：如何尋找開放的染色質區域？
A：傳統使用的的實驗方法主要是有MNase-seq和DNase-seq ，這兩種實驗方法的主要思路是：染色質變得開放，就意味著DNA和組蛋白的聚集程度降低，就會有一部分DNA暴露出來。而一旦失去了蛋白質的保護，這部分DNA就可以被DNA酶（MNase或DNase I）所切割。然后，我們再把切割完的DNA拿來測序，和已知的全基因組序列相比較，就能發現被切割的是哪些序列，沒有被切掉的基因序列又在哪里，就知道開放的染色質區域在哪里了。不過，這兩個方法有明顯的缺陷，即耗時費力與重復性差。雖然FAIRE-seq 不依賴酶和抗體，但其檢測背景較高，測序信噪比低，甲醛交聯時間不好把握等缺陷。
ATAC-seq
Q：有什么新技術方法來研究開放染色質？
A：新推出的ATAC-seq利用Tn5轉座酶（DNA轉座，是一種把DNA序列從染色體的一個區域搬運到另外一個區域的現象，這一過程就由轉座酶參與完成。Tn5轉座酶：“標簽片段化工具”，Tn5轉座體可將其銜接子負載整合到可接近的染色質區域，而空間位阻較不可接近的染色質使得轉座不可能發生。）人為將將攜帶已知DNA序列標簽的轉座復合物，加入到細胞核中，再利用已知序列的標簽進行PCR建庫測序，就知道哪些區域是開放染色質了。ATAC-seq出來的結果，和傳統方法出來的結果具有很強的一致性，同時也和ChIP-seq有較高的吻合程度。而相比較而言，ATAC-seq的重復性，比MNase-seq和DNase-seq的更強，操作起來也更加簡便，而且只需要很少的細胞/組織量，同時測序信號更加好。目前已經成為研究染色質開放性首選的技術方法。
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