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scRNA-seq單細胞轉錄組

scRNA-seq單細胞轉錄組

  • 所屬分類:10x Genomics單細胞研究策略

  • 點擊次數:
  • 發布日期:2022/03/21
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詳細介紹

產品介紹

        ScRNA-seq是在單細胞水平對轉錄組進行測序的技術,可以研究單個細胞內的基因表達情況,同時解決用組織樣本測序無法解決的細胞異質性難題,讓解析單個細胞的行為、機制及其與機體的關系成為了現實。

       10 X Genomics單細胞轉錄組測序平臺利用微流控、油滴包裹和barcode標記等技術來實現高通量的細胞捕獲技術,能夠一次性分離、并標記500–10000個單細胞,從而獲得每個細胞的轉錄組信息。具有細胞通量高、建庫成本低、捕獲周期短等優勢。


scRNA-seq單細胞轉錄組.png

圖:10x 單細胞轉錄組實驗流程圖

 

技術流程

scRNA-seq單細胞轉錄組

樣本要求:

  1. 濃度 700-1,200 個 /ul ,體系不低于30ul(依據預期上樣量)

  2. 細胞間無粘連(成團率 <5%)

  3. 無大于 40um 的細胞碎片或其他顆粒物

  4. 細胞成活率應大于 85%(臺盼藍染色檢測) 

  5. 不存在逆轉錄抑制劑和非細胞的核酸分子


 

案例分享

《譜系追蹤的轉錄圖譜聯系分化過程中的狀態與命運》

Lineage tracing on transcriptional landscapes links state to fate during differentiation.Science, 2020.IF=41.037

研究背景

在細胞分化過程中,干細胞和祖細胞通過命運決定的層次結構不斷前進,不斷完善它們的特性,直到達到功能的Z終狀態。推斷祖細胞和其后代之間關系的黃金標準是譜系追蹤,在譜系追蹤中,一個祖細胞的子集通常使用標記細胞表達來定義標記基因的遺傳方法定位,,然后在稍后的時間點確定它們的命運。譜系圖是理解和控制分化的關鍵。

研究內容

研究人員使用表達的DNA條碼來克隆性追蹤時間轉錄組,并將其應用于研究造血過程中的命運確定。研究人員確定了潛在命運的狀態,并將它們置于連續的轉錄環境中。研究人員確定了在成熟細胞上留下印記的單核細胞分化的兩種途徑。然而,對姊妹細胞的分析也顯示出細胞具有固有的命運偏倚,而這種偏倚是無法通過單細胞RNA測序檢測到的。Z后,研究人員從單細胞瞬時捕獲中進行了動態推理的計算方法基準測試,結果表明,命運的選擇比Z先進算法檢測到的更早,并且細胞在擬時間中以精確且一致的動態穩定地進展。

scRNA-seq單細胞轉錄組

圖:單細胞轉錄組數據動態推理細胞進程


本文網址:http://www.cvcfyouth.com/product/586.html

關鍵詞:scRNA-seq,單細胞,10XGenomics

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