武漢愛基百客生物科技有限公司
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產品介紹
空間轉錄組是從空間層面上解析RNA-seq數據的技術，從而解析單個組織切片中的所有mRNA，將總mRNA的空間信息與形態學內容相結合，并繪制所有基因表達發生的位置，獲得疾病復雜而完整的基因表達譜。在確定不同細胞群的同時保留空間位置，為細胞功能、表型和組織微環境中位置的關系提供了重要信息。其原理是當組織冷凍切片附在空間轉錄組載片上時，條形碼引物結合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測序結果中空間條形碼的序列，可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的起始位置。
技術流程
樣本要求：
組織切片后的樣本進行RNA提取后滿足建庫要求
測序量：
5M/spot
案例分享
《整合空間轉錄組學和單細胞RNA-seq技術揭示胰腺導管腺癌的組織結構》
Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas.Nature Biotechnology, 2020.（IF=31.864）
研究背景
單細胞RNA測序(scRNA-seq)能夠系統地識別組織中的細胞群，但對其空間組織的描述仍然具有挑戰性。
研究結果
作者將一種基于微陣列的空間轉錄組學方法與同一樣本生成的scRNA-Seq相結合，該方法使用一組點(每個點捕獲多個相鄰細胞的轉錄組)來揭示基因表達的空間模式。為了準確描述不同組織區域的細胞組成，作者引入了一種多模態交叉分析方法。將多模態交叉分析應用于原發性胰腺腫瘤，發現導管細胞、巨噬細胞、樹突狀細胞和癌細胞亞群存在空間限制性富集，并與其他細胞類型存在明顯的共富集。此外，作者還鑒定了炎癥成纖維細胞和表達應激反應基因模塊的癌細胞的共域化。通過繪制scRNA -seq定義的亞群結構的方法可以用于揭示復雜組織固有的相互作用。
圖：利用MIA繪制癌細胞狀態與基質亞型之間的關系。
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